數據庫容量大于2900種(taxa)，包含四大類數據庫，其中Gen III好氧細菌數據庫1568種（革蘭氏陰性好氧菌800種，革蘭氏陽性好氧菌768種），其它可選數據庫有：厭氧菌361種，酵母菌267種，絲狀真菌710種。幾乎涵蓋了所有常見的人類、動物、植物病原菌以及食品、藥品和環境微生物。

絲狀真菌數據庫（FF），可自動鑒定包括臨床、工業、農業及環境中常見青霉（153種）、曲霉（89種）、刺盤孢霉（18種）、鐮刀霉（79種）、木霉及其它種等708種絲狀真菌。為與傳統的真菌形態學鑒定相結合，BIOLOG提供近1000多張精美的宏觀和顯微圖片供用戶參考比對，以獲得更為精確的結果。

在食品、化妝品和制藥工業領域提供大量的常見致病菌數據庫，包括沙門氏菌（15種）、李斯特菌（7種）、大腸桿菌（8種，含阪崎腸桿菌和E.coli O157:H7）、葡萄球菌（43種好氧，2種厭氧）、彎曲菌、假單孢菌（52種）、弧菌（23種）、梭菌（60種）、志賀氏菌（4種）、耶爾森氏菌（11種）、鏈球菌（61種，含豬鏈球菌）、金黃桿菌屬（32種）等，用于食品、藥品及化妝品行業致病微生物鑒定儀、工業應用微生物研究、質量控制及產品研發等。

在植物病原菌鑒定方面，可鑒定常見的植物病原菌達到258種，如假單孢菌 （130種），伯克霍爾德菌（13種）、黃單孢菌 屬（81種）、果膠桿菌屬（14種）、食酸菌屬 （7種）、短小桿菌（5種）、根瘤菌屬（4 種）、歐文氏解淀粉菌等，數百種植物致病細菌及數百種的植物病原真菌。

可鑒定23種分枝桿菌(Mycobacterium)。

可鑒定放線桿菌共22種，其中革蘭氏陽性好氧放線菌8種，厭氧放線菌14種。